大豆种子在贮藏时，一定要进行充分晾晒，水分不应高于12%，若水分超过13.5%，脂肪酸就会迅速增加，豆粒很快变软，即使在冬春季节，也易引起发热变质，不能再作种用。所以，要求大豆种子入库前把含水量降到10%左右，就会更安全可靠。
为了保持大豆种子的品质和发芽，贮藏温度建议还是不要超过5℃，粮堆降温入库后，应及时用废旧麻袋、草席等严密覆盖，这样既可以有效的预防外温浸入，又可以有效的预防虫霉感染。
大豆种子里混有的杂质和破损粒，吸湿性强，又易感染贮粮害虫，使粮堆返潮发热、生虫霉变，导致大豆种子酸败变质，甚至失去食用价值故清除杂质、碎粒是安全贮藏大豆种子的重要措施。
大豆种子贮藏期间的害虫主要是印度谷蛾与粉斑螟蛾。防虫措施是将粮面扒平，紧压1层竹席或经消毒的麻袋，防止蛾类在春暖后交配产卵繁殖危害。若已生虫，少量种子可过筛除虫或使用药剂熏蒸，即用小碟盛敌敌畏，用报纸垫底，置于粮面上，加盖密封蒸72小时之后，杀虫率达100%，大批种子可用熏仓法治虫。
刚收获入库的大豆种子，生理活动比较旺盛，粮堆内湿热容易聚集。所以，在干燥有风的晴天，应进行适当通风，以利散发粮堆湿热，防止粮面结露，霉变损失。在贮藏过程中，一般以适当降低库内温度和散失水汽为原则。保持种子湿度在525℃之间。因此，大豆种子贮藏应以通风为主要手段。但能否通风，必须按库内外温度湿度情况来确定。如属以下情况方可通风。①库内温度高于库外。②库内库外温度相同，但库外湿度低。③库内库外湿度相同，但库外温度低。④库外温度高而湿度低，或湿度高而温度低，则要计算库内外空气的绝对湿度，如库外的绝对湿度低于库内的绝对湿度，方可通风。绝对湿度的计算方式：绝对湿度=当时空气饱和水汽量(克/立方米)×相对湿度(%)。通气的方法主要使用通风风扇。根据仓库的大小，可将风扇安装在仓库的一端或两端。
大豆种子入库后，要按时进行检查库内气温和湿度以及种子的温度、水分、发芽率、病虫鸟鼠害等情况，做好记载，及时采取比较有效措施，确保种子安全贮藏。
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